با وجودی که مصوب ۹ ماده ای احیای حوضه زاینده رود بارگذاری جدید بر این رودخانه را ممنوع کرده اما طرح بن- بروجن در استان بالادست و بعد از این مصوبه قرار است بعد از اجرا برداشتی جدید از این حوضه داشته باشد که به اعتقاد کارشناسان این به معنای نابودی کامل زاینده رود خواهد بود.
به گزارش ایمنا، مطابق با بند چهارم مصوب ۹ ماده ای شورای عالی آب احیای حوضه زاینده رود در دی ماه ۹۳، هر گونه "بارگذاری جدید بر منابع آب زاینده رود تا پیش از تکلیف تخصیص های هر استان در این حوضه ممنوع شد". براساس این قانون تا زمانی که طرح های پیشین انتقال آب به اصفهان همچون تونل سوم کوهرنگ و یا بهشت آباد به نتیجه نرسد نمی توان بارگذاری جدید بر زاینده رود داشت چرا که این رودخانه دیگر توان برداشت های جدید و اضافه را ندارد. با این وجود از ابتدای سالجاری تاکنون متولیان این پروژه با تغییر محل و انتقال اجرا طرح به محدوده سد ذخیره زاینده رود قصد دارند تیتر خلاصی بر پیکره نیمه جان رودخانه زاینده رود بزنند. این اقدام البته با واکنش نمایندگان مردم اصفهان مواجه شد. همچنین در تاریخ ۹۶/۶/۱۱، فعالیت یک دستگاه بولدوزر – تسطیح و گودبرداری محل احداث ایستگاه پمپاژ صفر طرح انتقال آب بن-بروجن در محدوده سد تنظیمی زاینده رود توسط گروه حفاظت رودخانه زاینده رود گزارش شد که موارد سریعاً با دفتر حفاظت سد و شرکت آب منطقه ای اصفهان هماهنگ و به دنبال آن، عملیات اجرایی طرح مذکور با هماهنگی و همکاری واحد حفاظت و حراست سد زاینده‌رود متوقف شد. در پی توقف عملیات اجرایی فعالیت طرح انتقال آب بن-بروجن در محدوده سد تنظیمی زاینده رود و محدوده تملیکی شرکت آب منطقه ای اصفهان اعلام کرد که ادوات و تجهیزات مستقر در محدوده سد تنظیمی نیز از محدوده مذکور خارج شد.

در واکنش به این اقدامات جمعی از نمایندگان مردم اصفهان در نامه ای به سرپرست وزارت نیرو تاکید کردند که طرح بن بروجن مغایر با آنچه قانون مصوب کرده و غیرقانونی است که باید متوقف شود. متن این نامه که به امضای پنج از نمایندگان مردم اصفهان در مجلس (حیدرعلی عابدی، ناهید تاج الدین، حمیدرضا فولادگر، حسن کامران و احمد سالک رسیده است، به شرح ذیل است:

"پیرو مذاکرات حضوری جمعی از نمایندگان مردم شریف استان اصفهان در مجلس شورای اسلامی با جنابعالی در تاریخ ۹۶/۶/۶ و مذاکرات تلفنی با آقایان مهندس میدانی و حاج رسولیها در مورد مباحث آب و عدم رعایت مصوبات شورای عالی آب که هر گونه تصمیم گیری در مورد سهمیه بندی آبی را به عهده شورای توزیع عادلانه آب قرار داده و هر گونه بارگذاری جدید از تاریخ ۹۳/۱۰/۳ بر زاینده رود را ممنوع اعلام کرده است و تاکید ریاست جمهوری طی نامه شماره ۱۱۶۲۴ تاریخ ۹۶/۲/۳۱ در جلوگیری از برداشت های بی رویه متاسفانه اخیرا با فشارهای نامرئی استان چهارمحال و بختیاری تلاش برای اتصال لوله طرح بن بروجن در محل سد ذخیره آبی زاینده رود نموده است، این طرح علاوه بر مغایرت با مصوبات فوق دارای ۵ اشکال عمده است که فعلا با تاکیدات جنابعالی و شورای تامین استان تا بررسی قطعی و راه اندازی پروژه تونل سوم، متوقف گردیده است. لذا مستدعی است دستور فرمائید رئیس هیات مدیره و مدیرعامل آب منطقه ای اصفهان هر چه سریعتر نسبت به جمع آوری وسائل و تجهیزات شرکت پیمانکار پروژه فوق در محوطه مذکور اقدام نمایند. "