نکته قابل تأمل اینکه «فرهیختگان» در بودجه سال 1400 به نام و تعداد 174 مرکز تحقیقاتی، مطالعاتی و پژوهشی با بودجه 6 هزار و 400 میلیارد تومانی رسیده بود که ظاهراً در دو سال اخیر با عدم شفافیت یا خلاصه‌سازی بودجه، این تعداد با کاهش بیش از 100 ردیف روبه‌رو شده است. پرواضح است که هیچ اندیشکده، پژوهشکده و پژوهشگاهی در دو سال اخیر تعطیل نشده و به‌رغم آنکه تعداد مراکز پژوهشی عنوان شده در ردیف بودجه کاهش یافته، اما در مجموع بودجه این بخش طی 3 سال دو برابر شده است.
نکته جالب‌توجه دیگر، تعداد بالای مراکز تحقیقاتی موازی و شبیه هم است که با بودجه‌های مختلف یک رسالت مشخص را دنبال می‌کنند. همچنین با اضافه کردن 250 مرکز پژوهشی که خارج از بودجه نام آن‌ها آمده، تعداد اتاق فکر‌های کشور به 312 مورد می‌رسد. 

250 اتاق فکر در خارج از بودجه دولت! 
یک اتفاق قابل تأمل دیگر، انبوه اندیشکده‌ها و مراکز پژوهشی است که گرچه نامی از آن‌ها در قانون بودجه سالانه نیست، اما پرواضح است که این مراکز حتی یک روز هم بدون کمک‌های دولتی و بودجه عمومی نمی‌توانند ادامه حیات بدهند. طبق بررسی‌های «فرهیختگان» از وب‌سایت مرکز جامعه اندیشکده‌ها، در حال حاضر 250 مرکز پژوهشی، اندیشکده و مرکز تحقیقاتی وجود دارد که هدف مؤسسان آن‌ها از ایجاد، بازی نقش اتاق فکری برای مؤسسه مادر بوده است.

جزئیاتی از بودجه مراکز تحقیقاتی 
بررسی جزئیات قانون بودجه سال 1403 نشان می‌دهد 77 مرکز تحقیقاتی، مطالعاتی و پژوهشی در بودجه سالانه کشور ردیف بودجه دارند. محاسبات نشان می‌دهد کل رقم بودجه درنظر گرفته شده برای این 77 مرکز پژوهشی حدود 21 هزار میلیارد تومان است که البته با خارج کردن مراکز پژوهشی نظامی و پزشکی، این مقدار به 13 هزار و 400 میلیارد تومان می‌رسد.
اما در بین این مراکز پژوهشی، سازمان تحقیقات، ترویج و آموزش کشاورزی با 3 هزار و 222 میلیارد تومان در رتبه اول با بیشترین بودجه تحقیقاتی قرار دارد. پس این سازمان سازمان پژوهش و برنامه‌ریزی آموزشی با حدود هزار و 700 میلیارد تومان در رتبه دوم و مرکز تحقیقات راه، مسکن و شهرسازی با 579 میلیارد تومان در رتبه سوم قرار دارد.
پژوهشگاه نیرو، مرکز پژوهش‌های مجلس شورای اسلامی، مؤسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی(ره)، پژوهشگاه دانش‌های بنیادی و مؤسسه تحقیقات علوم شیلاتی کشور نیز به ترتیب با 533، 483، 436، 430 و 385 میلیارد تومان در رتبه‌های بعدی قرار دارند.
در بین مراکز تحقیقاتی که کمترین بودجه را دارند، می‌توان به رقم بودجه مؤسسه ملّی توسعۀ تحقیقات علوم پزشکی کشور اشاره داشت که بالغ بر 19 میلیارد تومان بودجه داشته است. پژوهشگاه علوم انسانی و مطالعات اجتماعی نیز پس از آن کمترین بودجه را دارد که در حدود 21 میلیارد تومان است. پژوهشگاه علوم شناختی و مرکز مطالعات و همکاری‌های علمی بین‌المللی هرکدام حدود 24 میلیارد تومان بودجه داشته‌اند.